Основан през 1946 г. той е първият куклен театър в България. Две години по-късно е гласувана държавна субсидия и получава статут на първия държавен професионален театър в България.
През 60-те години театърът бележи значителен творчески подем. Поставени са емблематични спектакли, донесли високи отличия и популярност на театъра и кукленото ни изкуство по цял свят – от Куба, САЩ и Канада през страните на Европа до далечна Япония.
Столичен куклен театър е създател и организатор на Международния фестивал за уличен и куклен театър „Панаир на куклите“, който през 2014 г. се проведе за 8 път.
В последните години, театърът предлага разнообразна програма не само за бебета и деца, но и за възрастни, като така се стреми да разчупи клишето, че кукленият театър е само за най-малките.