Старинната църква „Свети Николай Мирликийски Чудотворец“ се намира в центъра на столицата, на улица „Калоян“ № 8, срещу Софийската митрополия, в близост до хотел „Рила“. Тя е един от най-старите храмове София. Построена е в началото на IV век заедно с Дворцовия комплекс, предназначен за престоите на император Константин Велики в антична Сердика, заемал днешния център на града, т. нар. Константинов квартал.
По-късно, през средновековието (XIII век) севастократор Калоян издигнал резиденцията си върху основите на Дворцовия комплекс и изградил нова църква върху основите на ранно християнската. Има предположение, освен че е обновил Боянската църква, севастократорът е изградил и храмовете „Света Петка Самарджийска“ и „Света Петка Стара“. През вековете на османското робство църквата е била известна като „Св. Никола Големи“. За нея се споменава в пътеписите на немския пътешественик Стефан Герлах през XVI век. През времето тя е поправяна многократно.
Оцелялата дотогава средновековна трикорабна базилика е напълно разрушена по време на бомбардировките на 30 март 1944 година. Днешната малка църква е изградена през 50-те години на ХХ век по настояването на патриарх Кирил. Най-голямата ценност и светиня на храма е чудотворната икона на Св. Николай Мирликийски Чудотворец, останала по чудо невредима след разрушителните бомбардировки. Въпреки скромните си размери, църквата очарова с атмосферата и великолепния си иконостас.